与会代表围绕着“农村治理的台湾经验”、“农村治理的大陆经验”以及“两岸农村治理的未来展望”三大主题展开研讨，分别从不同视角呈现和剖析了两岸农村治理的在地经验，并力图揭示这些经验在制度创新层面的内涵和本质，从而为两岸农村治理中的制度移植和政策创新创造有利条件。
“东亚农业现代化模式”成为本次会议研讨和反思的焦点之一。该模式意指在农业现代化的发展过程中，台湾与日本、韩国等国家和地区曾创造的颇具特色的发展模式。基于两岸农业与农村治理体系的基本差异、“东亚农业现代化模式”所遭遇的当代危机，与会学者深入研讨和反思了“东亚农业现代化模式”的历史意蕴，力求在东亚与西方、台湾与大陆的双重比较中寻找两岸农村的发展之路。
在深刻理解两岸农村治理在地经验的基础上，与会者一致认同，未来的两岸农村治理不应割裂传统与现代，而应更多地从乡风礼俗等传统文化中汲取可资利用的资源来推进基层社会治理创新。不仅如此，还应充分重视农村基层治理中的政府责任，特别是发挥政府在公共服务供给、推进农村信息化、乡村建设规划、新型农业经营主体培育、促进农民工返乡创业等事务中的不可或缺的作用。
